ミスター・シニスター（本名：ナザニエル・エセックス） (Mister Sinister)
元々は19世紀の異端の生物学者であったが、その才能をアポカリプスに見込まれ、彼の弟子として不死の肉体を与えられＭｒ・シニスターとなる。その後自らが世界を征服したいという欲望に駆られ、アポカリプスと袂を分かち、アポカリプスを倒せる究極のミュータントを創造することを生涯の目標とし、それの創造に最も適しているのがサイクロップスとジーンの遺伝子にあると知り、当時ジーンを死んだと思っていたサイクロップスにジーンのクローンであるマデリーン・プライヤーを近づけネイサンを生ませるも皮肉にアポカリプスによって奪われてしまう。その後も諦めるこなく究極のミュータントを創造するべく暗躍していく中で、ストライフの負の遺産であるレガシーウィルスを世に解き放ってしまう。なお、普段は策士として暗躍するだけで自ら戦闘を行うことはないが『オンスロート』ではＸ－マンを奪うべく、抵抗するＸ－フォースをあっさり退けるなど、戦闘能力の高さを示した。日本ではテレビアニメの出演で有名（映画とゲームには未登場）。
アポカリプス（本名：エン・サバー・ヌール） (Apocalypse)
黙示録の名を持つ怪人物。分子構造を自由に操ることができ、自分の体を自由に変えられる。約800km/hのスピード（クイックシルバー並）、ハルク並の怪力を持つ。知能も大変高い。「適者生存」を信念として4人のミュータントからなる「黙示録の四騎士（フォーホースメン）」を指揮し、人類壊滅を目論む。プロフェッサーXがX-メンを創設しなかったパラレルワールド（エイジ・オブ・アポカリプスの世界）では世界を支配していた。もともとは古代エジプト時代の奴隷であったがミュータント能力に目覚め（ファンタスティック・フォーのライズ・オブ・アポカリプス）、主君であったオジマンディアスを配下にし、適者生存（自分が適者という前提）という理想の世界を目指す。不老（ないし超長寿）のミュータントである「エクスターナル」の一人。日本ではテレビアニメとゲームの出演で有名（映画には未登場）。冷酷な人格をしているが、瀕死のX-メンを見逃したり、自分と戦って勝ったアークエンジェルに殺されることを願ったりとその行動は私欲というよりは徹底して信念のためという美学を持つ大物悪役でもある。なおモイラを「ご婦人」呼び、自分に協力するインビジブル・ウーマンに対して敬意を示すなど女性の扱いもある程度心得ているようである。
バスチオン (Bastion)
米国政府に取り入り、極秘のミュータント根絶計画（オペレーション・ゼロ・トレランス）を指揮する謎の人物。ミュータントハンターロボット・センチネルの軍団を操り、X-メンを壊滅寸前に追い込んだ。その正体はセンチネルの王、マスターモールド (Master Mold) であった。
オンスロート (Onslaught)
人類に絶望したプロフェッサーXの暗黒面が、マグニートーのパワーと合体して生まれた最強最悪の魔人。プロフェッサーXを取り込み、彼の精神操作能力、そしてマグニートーの磁力操作能力を持つ。さらにファンタスティック・フォーのリード・リチャーズとスー・リチャーズの息子で、最強のミュータントになると言われているフランクリン・リチャーズの能力を取り込こんだことで現実改変能力も手に入れた。そのため地球で生まれた最初のコズミックビーイング（宇宙的存在＝ギャラクタスやリビングトリビューナルのような、宇宙を律する神に等しい存在）と呼ばれた。地球とマーベル世界の全ヒーローを巻き込んだ巨大災厄を引き起こした。日本ではゲームの出演で有名（テレビアニメ、映画には未登場）。
マツオ・ツラヤバ (Matsu'o Tsurayaba)
歴史ある忍者集団ザ・ハンドの首領で、日本人。ミュータントではないがミュータント能力に匹敵するほどの数々の殺人技と超人的な技を会得しており、世界中で暗躍している。普段はビジネスマンとして行動しており、配下の下忍は伝統的な忍者服にもかかわらず、本人はコスチュームも常に背広とコート姿。ちなみに、制作サイドは本当は「ツブラヤ（円谷英二からか？）」と命名したかったらしいが、間違ってツラヤバという不思議な名前になったといわれる。漢字にすると「連刃」となるという説がある。
ストライフ (Stryfe)
未来世界から来た強力なミュータント。2000年先の未来でケーブルの臓器移植のためにつくられたクローンだったが、アポカリプスに奪われて育てられる。アポカリプスを撃退し、ミスター・シニスターに一杯食わせたこともある。プロフェッサーXがケーブルに狙撃され機械化ウイルスに感染するという事件（「エクスキューショナーズ・ソング」事件）があったが、実はストライフの仕業であった。彼自身はケーブルではなく自分のほうがオリジナルと思っていた。自分の遺伝子上の親であるサイクロップスとジーンを、自分を捨てたと認識しており、二人を激しく憎んでいる。また、自分がケーブルのためにつくられた補欠であることをプライドが許さないのか、ケーブルのことも非常に憎んでいる。ケーブルとは異なり、テクノウィルスに余分な能力を割くことも必要ないため「ケーブルの完全体」とも言える非常に強力なミュータント能力を持ち、ジーングレイの能力をいとも簡単に押さえつつアポカリプスを半殺しにする。ケーブルとの決闘に敗れるが、死ぬ前に残した遺産（レガシー）である「レガシーウイルス」は、その後多くの犠牲者を出すことになる負の遺産となった。
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オメガレッド（本名：アルケイディ・ロッソビッチ） (Omega Red)
冷戦時代に、ウルヴァリンやキャプテン・アメリカといった西側諸国の超人兵士に対抗して作られたソビエト連邦の超人兵士。周囲の人間の生命力を吸い取るフェロモン「デス・ファクター」を発することができるが、それを安定させるために不可欠な装置「カーボナディウム・シンセサイザー」をウルヴァリン、セイバートゥース、マーヴェリック (Agent Zero) の3人に奪われて制御不能となったため、その後30年以上の間封印されることになる（マツオ・ツラヤバによって封印を解かれる）。そのため、前述の3人を特に恨んでいる。両手首に埋め込まれた超金属の鞭「カーボナディウム・コイル」が武器。ガンビットに「ポニーテールの悪党」呼ばわりされる。日本ではテレビアニメとゲームの出演で有名（映画には未登場）。